1991年，香港黑幫三合會會員劉健明（劉德華）聽從老大韓�,。ㄔ�志偉）的吩��,，加入警察部隊成為黑幫臥底，韓琛許諾劉健明會幫其在七年后晉升為見習督察,。1992年,，警察訓練學校優(yōu)秀學員陳永仁（梁朝偉）被上級要求深入到三合會做臥底，終極目標是成為韓琛身邊的紅人,。2002年,，兩人都不負重望，也都身背重壓,，劉健明漸想成為一個真正的好人,，陳永仁則盼著盡快回歸警察身份。

　　重案組從陳永仁手中獲悉一批毒品交易情報,，鎖緊目標人物韓琛,，沒料情報被劉健明泄出，雙方行動均告失敗,。但此事將雙方均有臥底的事實暴露,，引發(fā)雙方高層清除內(nèi)鬼的決心。命運迥異又相似的劉健明和陳永仁開始在無間道的旅程中接受嚴峻考驗,。

　　1991年,，香港黑幫龍頭倪坤被殺，倪氏家族旗下五大頭目中除韓�,。ㄔ�志偉）��,，均伺機背叛發(fā)難，不料卻被倪家不起眼的第二代倪永孝（吳鎮(zhèn)宇）不費一兵一卒牽制,，此舉引來重案祖督察黃志誠（黃秋生）的戒心,，使其派出警校學生陳永仁（余文樂）滲入倪家進行長期的臥底工作，而韓琛為了鞏固勢力,，早在警察內(nèi)部安插了線人劉建明（陳冠希）,。三年后，事業(yè)蒸蒸日上的倪永孝為安枕無憂,，決意將五大頭目一舉殲滅,，卻因疏忽讓韓琛成為漏網(wǎng)之魚。

　　劉建明（劉德華）在陳永仁（梁朝偉）被殺10個月后接受警隊內(nèi)部調(diào)查，被架空職權(quán),，加上家庭的變故,，他的精神狀態(tài)每況愈下，但他堅信局面很快就會扭轉(zhuǎn),。年輕警司楊錦榮（黎明）在同事看來是怪人一個,，他正憑著過人的業(yè)績邁向警隊最高層。為了搞清楚楊錦榮的真實身份,，劉建明開始對其調(diào)查,。

　　劉建明漸漸發(fā)現(xiàn)韓琛舊日的生意拍檔沈澄（陳道明）與楊錦榮有著千絲萬縷的關(guān)系，為了置楊錦榮于死地,，也為了不讓自己的身份曝光,，渴望做個好人已久的劉建明開始千辛萬苦地找尋一個又一個證據(jù),，可是他總在最接近真相時功虧一簣,。