1991年,，香港黑幫三合會(huì)會(huì)員劉健明（劉德華）聽從老大韓�,。ㄔ�志偉）的吩��,，加入警察部隊(duì)成為黑幫臥底,，韓琛許諾劉健明會(huì)幫其在七年后晉升為見習(xí)督察,。1992年,，警察訓(xùn)練學(xué)校優(yōu)秀學(xué)員陳永仁（梁朝偉）被上級(jí)要求深入到三合會(huì)做臥底,，終極目標(biāo)是成為韓琛身邊的紅人,。2002年,，兩人都不負(fù)重望，也都身背重壓,，劉健明漸想成為一個(gè)真正的好人,，陳永仁則盼著盡快回歸警察身份。

　　重案組從陳永仁手中獲悉一批毒品交易情報(bào),，鎖緊目標(biāo)人物韓琛,，沒料情報(bào)被劉健明泄出,，雙方行動(dòng)均告失敗。但此事將雙方均有臥底的事實(shí)暴露,，引發(fā)雙方高層清除內(nèi)鬼的決心,。命運(yùn)迥異又相似的劉健明和陳永仁開始在無間道的旅程中接受嚴(yán)峻考驗(yàn)。

　　1991年,，香港黑幫龍頭倪坤被殺,，倪氏家族旗下五大頭目中除韓琛（曾志偉）外,，均伺機(jī)背叛發(fā)難,，不料卻被倪家不起眼的第二代倪永孝（吳鎮(zhèn)宇）不費(fèi)一兵一卒牽制，此舉引來重案祖督察黃志誠（黃秋生）的戒心,，使其派出警校學(xué)生陳永仁（余文樂）滲入倪家進(jìn)行長期的臥底工作,，而韓琛為了鞏固勢力,，早在警察內(nèi)部安插了線人劉建明（陳冠希）,。三年后，事業(yè)蒸蒸日上的倪永孝為安枕無憂,，決意將五大頭目一舉殲滅,，卻因疏忽讓韓琛成為漏網(wǎng)之魚。

　　劉建明（劉德華）在陳永仁（梁朝偉）被殺10個(gè)月后接受警隊(duì)內(nèi)部調(diào)查,，被架空職權(quán),，加上家庭的變故，他的精神狀態(tài)每況愈下,，但他堅(jiān)信局面很快就會(huì)扭轉(zhuǎn),。年輕警司楊錦榮（黎明）在同事看來是怪人一個(gè)，他正憑著過人的業(yè)績邁向警隊(duì)最高層,。為了搞清楚楊錦榮的真實(shí)身份,，劉建明開始對(duì)其調(diào)查。

　　劉建明漸漸發(fā)現(xiàn)韓琛舊日的生意拍檔沈澄（陳道明）與楊錦榮有著千絲萬縷的關(guān)系,，為了置楊錦榮于死地,，也為了不讓自己的身份曝光，渴望做個(gè)好人已久的劉建明開始千辛萬苦地找尋一個(gè)又一個(gè)證據(jù),，可是他總在最接近真相時(shí)功虧一簣,。